Awal mula berdirinya Kerajaan Pajang, diawali oleh pertempuran antara Aryo Penangsang dengan Joko Tingkir(Adipati Pajang), yang merupakan menantu Sultan Trenggono. Pertempuran itu sendiri dimenangkan oleh Joko Tingkir. Kemenangan ini juga atas bantuan dari Ki Ageng Pemanahan dan Ki Ageng Penjawi. Kemenangan ini membuat Joko Tingkir memimpin Demak dengan gelar Sultan Hadiwijaya, gelar tersebut diperoleh dari Sunan Giri dan mendapat pengakuan dari kerajaan-kerajaan yang menjadi bawahan Demak.

    Sultan Hadiwijaya kemudian memindahkan pusat kerajaan dari Demak menuju Pajang. Dengan demikian resmilah sudah Kerajaan Pajang. Atas jasa-jasa Ki Ageng Pemanahan dan Ki Ageng Penjawi, keduanya diberi hadiah berupa tanah diwilayah Mataram untuk Ki Ageng Pemanahan dan tanah didaerah Pati untuk Ki Ageng Penjawi. Dan beliau berdua diangkat menjadi adipati diwilayah tersebut.

   Kepimpinan Sultan Hadiwijaya berlangsung dengan baik. Hubungan dengan kerajaan bawahan juga baik. Kesenian dan sastra mengalami perkembangan yang pesat. Pengaruh budaya Islampun semakin menyebar hingga ke pelosok daerah.

    Akan tetapi semuanya berlangsung dengan cepat. Sepeninggal Ki Ageng Pemanahan pada 1575, maka pemerintahan di Mataram, diteruskan ke putranya yang bernama Sutawijaya atau Ngabehi Loring Pasar. Dalam kepemimpinan Sutawijaya, Mataram berkembang dengan pesat. Hal ini yang kemudian membuat Sutawijaya enggan untuk menghadap ke Pajang.

    Pada tahun 1582 meletus perang Pajang dan Mataram karena Sutawijaya membela adik iparnya, yaitu Tumenggung Mayang, yang dihukum buang ke Semarang oleh Hadiwijaya. Perang itu dimenangkan pihak Mataram meskipun pasukan Pajang jumlahnya lebih besar. Sepulang dari perang, Hadiwijaya jatuh sakit dan meninggal dunia. Terjadi persaingan antara putra dan menantunya, yaitu Pangeran Benawa dan Arya Pangiri sebagai raja selanjutnya. Arya Pangiri didukung Panembahan Kudus berhasil naik takhta tahun 1583.

    Pemerintahan Arya Pangiri hanya disibukkan dengan usaha balas dendam terhadap Mataram. Kehidupan rakyat Pajang terabaikan. Hal itu membuat Pangeran Benawa yang sudah tersingkir ke Jipang, merasa prihatin. Pada tahun 1586 Pangeran Benawa bersekutu dengan Sutawijaya menyerbu Pajang. Meskipun pada tahun 1582 Sutawijaya memerangi Hadiwijaya, namun Pangeran Benawa tetap menganggapnya sebagai saudara tua.

    Perang antara Pajang melawan Mataram dan Jipang berakhir dengan kekalahan Arya Pangiri. Ia dikembalikan ke negeri asalnya yaitu Demak. Pangeran Benawa kemudian menjadi raja Pajang yang ketiga. Pemerintahan Pangeran Benawa berakhir tahun 1587. Tidak ada putra mahkota yang menggantikannya sehingga Pajang pun dijadikan sebagai negeri bawahan Mataram. Yang menjadi bupati di sana ialah Pangeran Gagak Baning, adik Sutawijaya.

Sutawijaya sendiri mendirikan Kerajaan Mataram, di mana ia sebagai raja pertama bergelar Panembahan Senopati.